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lncRNA测序(lncRNA-seq)

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

lncRNA测序

 

长链非编码RNAlong noncoding RNA, lncRNA,

是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA,

在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达;

对有参考基因组样本开展准确的lncRNA测序,

广泛应用于生命科学、基础医学、农学研究领域。

 

用心服务每一个项目

多年转录组学项目经验及多组学关联分析经验

已完成人、小鼠等物种进行lncRNA转录组测序分析,

丰富的lncRNA转录组与甲基化数据多组学关联分析经验

 

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

 

样本类型和要求

样本类型

样本要求

RNA

总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; RIN≥7;

细胞、组织样本

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

 

 

数据分析

基于lncRNAmRNA基因结构和基因表达水平分析,

lncRNA进行准确筛选及高效预测靶基因,

lncRNAmRNA的比较分析、共表达网络构建,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

 

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案例分析:lncRNA-LeXis作为肝LXR受体应答的因子调节胆固醇代谢

Feedback modulation of cholesterol metabolism by the lipid-responsive non-coding RNA LeXis. Nature. 2016 Jun 2;534(7605):124-8.

X受体(liver X receptors, LXRS)是人体细胞和胆固醇稳态的转录调节因子。研究者通过lncRNA高通量测序鉴定了一种lncRNA, LeXis,并发现饮食喂养或者药物激活LXRS导致肝细胞中LeXis表达显著上调,而上调或者下调LeXis表达水平,则会影响胆固醇生物合成相关基因表达及肝脏和血浆中胆固醇的水平。进一步研究表明LeXis通过结合调控一种异质性核糖核蛋白Raly调控小鼠肝脏中胆甾醇基因表达。这些研究概述了非编码RNA在脂质代谢中的调节作用,并促进我们对调控甾醇稳态的机制的认识。

 

鉴定lncRNA-LeXis作为LXR应答的调控因子

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